PBL에서는 문제가 더 복잡하고 덜 구조화될수록 학생들의 해결방안 도출 과정을 통해 학습이 더 깊고 풍부하게 이루어진다. 만일 수업 시간에 다양한 문제를 사용해야 한다면, 적절하게 복잡한 수준의 문제를 선택하는 것과 적절한 계열(sequence)(쉬운 것에서부터 어려운 것으로, 또는 쉽고 어려운 것을 교차해 사용하는 등)을 확보하는 것이 PBL 수업을 계획하는데 있어 매우 중요하다. 효과적인 PBL 문제는 느슨한 구조로(loosely structured)되어 있어 많은 다양한 해결책이 있을 수 있다. 현실에서처럼 학생들은 바로 정답을 찾는 것 보다는 무엇인지 정확히 잘 모르지만 여기저기 탐색하는 가운데 해결책을 찾아보는 경험을 가지는 것도 의미있는 경험이 될 수 있다. 그것이 부적절하지만은 않다.

이제까지 전통적인 수업현장에서 학생들에게 주는 문제는 정답을 구하는데 응용되는 개념이나 관련 기술을 적용할 것을 요구하는 상대적으로 간단한 문제들이다. 이러한 문제를 사용하는 목적은 그런 기술과 개념을 어떤 유형의 문제에라도 적용할 수 있는 능력을 발달시키는 것이다. 그러나 PBL수업에서는 대조적으로 문제(problems)는 경계선을 분명하게 그리지 않는 전문적인 연습(professional practices)에 직면하게 된다. 문제는 심지어 중요한 문제를 확인하는 것조차 도전이 될 수 있는 복잡한 맥락에서 발생한다. 문제는 학생들에게 해결방안을 발전(develop)시키기 위해 다양한 자료(sources)에서 기술(skills)과 개념(concepts)을 가져오기 전에 첫째로 중요한 질문을 결정할 수 있도록 요구한다. PBL 문제는 학생들로 하여금 실제적인 문제(real problems)에 맞춰서 까다롭고 반복되는 복잡하고 통합적인 길을 가도록 설계된다.

사례를 활용하는 수업(case studies)에서 학생들은 논의하고 숙고해야 하는 고도로 구조화된 상황에 놓이게 된다. 사례(cases)는 보통 단원(unit)의 처음에 설정되어 해당 이론과 원리의 연장선(extension)의 역할을 한다. 그래서 학생 그룹(student group)은 교재의 원리에 대해 공통적으로 읽고 그것을 최종적으로 사례에 적용하기 전에 교수와 교실에서 토론한다. 그러나 그 순서가 PBL 교실에서는 뒤바뀐다. 학생들은 상황(situation)으로 시작하고, 이론과 원리는 그 문제를 대처하는 과정에서 스스로 확인하게 된다. 수업에서는 읽기(read), 연구(research), 특정인에게 글쓰기(write a paper on X)와 같은 방법들이 이용될 수 있다. 수업은 학생들로 하여금 토론하고, 소집단 그룹 활동을 하게하며, 문제에 대해 다양한 해결방안을 작성하도록 한다.
 
좋은 문제의 특징은 다음과 같다.
실세계와 관계가 있다.
여러 가설을 생성할 수 있다.
팀의 협력을 요구 한다.
요구되는 학습 성과와 일치 한다.
이전의 지식과 경험에 기초 한다.
더 상위의 지식과 경험에 기초 한다.
학제 간 접근이 가능하다.
개방형 질문을 유도한다.
비구조화 되어 있다.
학습목표를 유도할 수 있다.
재미있거나 흥미를 유발한다.