Delisle(1997)은 문제중심학습에서의 문제는 적절한 내용, 학생의 경험, 교육과정의 적절성, 다양성을 허용하는 교수-학습 전략의 가능성, 비구조화된 문제의 진술, 동기부여 활동, 핵심적 질문, 평가 전략 등의 과정이 필요함을 강조하였다. 특히 문제는 학생들이 해결책을 이끌어 내는데 도움을 주는 정보를 너무 많이 제공하지 않는 것이 바람직하다. 학생들이 비구조화된 상황을 탐색할 수 있는 배경지식과 풍부한 경험을 가지고 있다면 구체적인 정보를 줄 필요가 없다. 그러나 학생들이 해결방안을 활성화하여야 할 필요가 있거나 복잡하고 어려운 문제를 쉽게 접근할 수 있도록 하기 위해 교수자는 학생들에게 추가적인 정보를 제공할 수도 있다. 무엇보다 먼저 문제를 설계하기 위해서 교육과정의 목표와 그 내용에 대해 탐색하는 과정이 필요하다. 학습자의 수준과 그들의 흥미를 고려하고 학습자의 수준과 교육과정과의 관련성, 그리고 학교와 지역사회의 환경 등을 고려하여 재미있고 학습자의 동기를 유발할 수 있는 상황을 제시하는 것이 필요하다. 이 과정을 통해 학생들에게 이 수업을 통해 무엇을 학습하게 할 것인지 수업목표를 구체적으로 결정하게 된다. 이에 대한 탐색이 이루어진 후에 핵심내용과 개념을 이야기를 통해 적절한 문제의 구조로 바꾸는 것이 바람직하다.
 
 
기본적인 PBL문제의 구성 요소는 제목(title), 문제 상황에 대한 소개(introduction that sets the stage for the problem), 문제에 대한 간략한 소개(a section that outlines the specific of the problem), 개방형 질문(open-ended questions) 등으로 구성된다. 문제에 대한 자료와 영감은 다양할 수 있으나 좋은 PBL 문제를 작성하는 것은 세 가지 특징이 요구된다.
우리가 학생들이 배우기를 바라는 내용과 개념(content and concepts)
문제에 집중할 수 있게 하는 이야기(story)
열려 있고(open ended) 도전할 수 있는 문제 구조(structure)
PBL 문제는 맥락(context)을 가지는 것이 바람직하다. 맥락을 가지기 위해서 문제는 실제적인 이야기(real story)여야 되며, 실제적인 이야기의 허구(예. 이름, 장소, 양의 변화), 혹은 완벽하게 구성된 것, 그 어떤 것이든지 가능하다. 문제에 대한 문맥을 제공하는 이야기는 최근의 이슈가 바람직하여, 약간의 유머와 관심을 끌어내는 서사적 구조를 가지는 것이 효과적이다. 문제가 최근의 사건(current events)을 다룰 때 학생들은 더 긍정적으로 반응한다. 왜냐하면 문제가 단순히 수업에만 제한되는 것이 아니라 현장 및 삶과 관련되어 있다고 생각하기 때문이다. 따라서 최근의 새로운 이야기나 최신의 연구 혹은 전문적인 문제에 기초한 PBL 문제가 바람직하다.

문제의 개발과 관련하여 관심 가져야 할 중요한 측면은 학생들의 관심을 이끌어 내는 것이다. 서사적인 구조(narrative style)는 학생들을 수업에 몰두하게 하는 바람직한 방법이다. 학생들을 주인공처럼 캐스팅하면 그들의 참여를 이끌어내는데 효과적이다. 비구조화된(unstructured) 문제는 학생들로 하여금 고차원적인 사고(higher-order thinking)를 하도록 하는데 효과적이다 분석(analysis), 통합(synthesis), 그리고 평가(evaluation)를 통해 문제를 해결하는 것은 학생들에게 성취감을 준다. 게다가, 개방형(open-ended)이고, 비구조화된(unstructured) 문제는 종종 간학문적이며(cross-disciplinary) 학생들로 하여금 학문의 경계를 넘어 그들이 필요한 정보를 얻도록 한다. PBL의 이런 측면은 학생들에게 그들이 그 밖에 시도하지 못했던 것을 연계할 수 있는 기회를 제공한다.
문제를 개발하기 위해 그들의 수업에 대한 요구(need)에 맞게 PBL 문제를 적합하게 전환할 수 있는 다양한 교재를 활용하는 것이 바람직하다. PBL 문제는 다양한 자료들을 활용할 수 있다. 수업교재는 물론 신문이나 잡지, 학술저널, TV 등 다양한 자료 등을 통해 수업에 맞게 얼마든지 개발할 수 있다. 아래의 자료를 활용하여 PBL 문제로 바꿀 수 있다. 교수자는 아래와 같은 자료를 활용할 수 있다.
수업을 위해 작성했던 문제 상황(problem sets)
사례연구(case studies), 시험 문제(exam questions)
학문적인 실제(practice), 연구, 또는 컨설팅 프로젝트
연구 자료와 학술지 논문
대중적인 책 이야기
PBL 문제 데이터베이스
이전 수업에서 사용했던 예시와 사례
첫째, 좋은 문제를 개발하기 위해서는 구체적인 학습목표를 규명하고 이 목표를 달성할 수 있는 문제 시나리오를 작성한다.
둘째, 학생들에게 부여되는 역할을 설정하여 그 상황의 주요 인물로 등장시킨다. 가능한 실제상황과 유사한 상황을 제시하여 주어진 문제가 자신의 문제라는 인식을 가질 수 있도록 하면 학생들에게 학습에 대한 흥미와 관심을 이끌어 낼 수 있다.
셋째, 시간 제한을 고려하여야 한다. 학생들의 수준과 능력에 맞추어 문제범위를 적절하게 맞추어야 한다. 짧게는 2-3시간 수업으로도 가능하지만 길게는 몇 주 또는 한 학기 전체를 필요로 할 수 있다.
문제를 작성했다고 수업에 바로 적용할 수는 없다. 문제가 수업목표에 맞게 작성되었는지 학생들에게 바람직한 수업경험을 제공할 수 있는지 필요한 학습지원이 이루어질 수 있는지 미리 확인하는 것이 필요하다. 강인애(2000)는 문제 개발 시 유념해야 할 체크리스트를 아래 표와 같이 제시하고 있다. 주로 PBL 문제의 특성과 함께 문제개발을 위해 과정의 목표와 학습자의 경험 등을 고려할 것을 강조한다.
<체크리스크 항목>
과정 목표에 적합한 내용인가?
학습지원은 준비 되었나?
문제 시나리오 쓸 때
  - 학습자의 경험으로부터 출발 할 수 있는 내용인가?
- 다양한 결과와 접근이 가능한가?
- 깊이 있는 생각을 요구하는 것인가?
- 복잡하고 비구조화 되어 있는가?
주어진 문제에서 학습자의 역할, 제출해야 할 결과물이 분명히 명시되어 있는가?
평가와 전략이나 방법
  - 학생참여가 이루어지는가?
- 학생 스스로 하는 평가가 있는가?
- 팀원 평가가 있는가?
- 팀 간 평가가 있는가?
- 과정에 대한 평가가 이루어지는가?
- 개별점수를 위한 활동은 이루어지는가?
- 저널을 사용하는가?
문제를 작성했을 때, 문제가 어떻게 학생들에게 제시될 것인지에 대해 고려할 필요가 있다. 학생들에게 처음부터 문제의 전체를 제시할 것인지 아니면 단계별로 나누어 제시할지를 결정해야 한다. 선택의 기준은 수업의 수준과 내용에 따라 다르며 교수자의 융통성(flexibility)에 따라 얼마든지 다양하게 접근할 수 있다.
(1) 한꺼번에 전체를 제시
문제를 처음에 한꺼번에 모두 전달하는 것은 종종 학생들이 주어진 문제에 대한 도전에 집중하도록 하면서 불안수준을 낮춘다. 학생들은 그것이 얼마나 어려운 문제인지 상관없이 그들에게 문제가 모두 제시되면 더 편안해 한다. 반면, 교수자는 설계자(designer)로서 그리고 문제의 중재자(moderator)로서 융통성을 잃을 수 있다.
(2) 단계적 제시
PBL에서 문제를 단계적으로 제시하는 것은 실제 세계와 비슷하다고 할 수 있다. 실세계에서는 좀처럼 다음에 어떤 도전이 올지 무엇이 될지 알기 쉽지 않다. 단계적으로 제시하면 이전 단계에서의 결과에 따라 서로 다른 방향으로의 접근이 가능하기 때문에 문제해결에 대한 역동성이 커질 수 있다. 한 번에 한 단계(one-step-at-a-time)씩 접근하는 구조는 교수자가 학생들이 문제를 더 쉽게 해결할 수 있도록 모니터할 수 있는 가능성을 준다.
단계적으로 문제를 나누어 제시할 때, 학생들은 어떤 문제가 다음에 올지, 어떻게 수행되어지는지, 문제의 단계가 완성되기까지 얼마나 걸리는지 알지 못한다. 이와 같은 모호성 때문에 학생들에게 문제의 흥미를 높일 수는 있지만 특히 경험이 적은 학생들에게 불안을 증폭시킬 수 있다. 따라서 각 문제의 단계(phases)에 평가(rate)를 하고 문제에 어떻게 직면하는 것이 바람직한지 안내(guidance)하는 것이 좋다.
문제가 너무 길면 아무리 좋은 문제라도 학생의 관심을 유지할 수 없다. 다른 교실에서처럼 PBL에서도 다양성과 융통성이 중요하다. 학생들이 집중할 수 있는 좋은 문제는 합리적인 기간에 해결될 수 있고 조사하기에 충분할 만큼 압축되어 있어야 한다.